A Primeira Fase da Copa Verde 2025 contará com 16 clubes e oito confrontos de jogo único. Em caso de empate, pênaltis.
Nas oitavas de final, os oito classificados enfrentarão Paysandu, Manaus, Remo, Amazonas, Atlético Goianiense, Vila Nova, Cuiabá e Goiás em jogo único. Em caso de empate, pênaltis.
Quartas de final, semifinal e final serão disputadas em jogos de ida e volta. Em caso de empate, pênaltis.
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