A Copa do Brasil 2025 será disputada em mata-mata ao longo das suas sete fases. A Primeira Fase contará com 80 clubes e será definida em partida única. Em caso de empate, a decisão será nos pênaltis. A Segunda Fase com 40 clubes também será definida em duelo único. Em caso de empate, a decisão será nos pênaltis.

Todas as fases seguintes, por outro lado, serão com jogos de ida e volta. Em caso de empate na pontuação e no saldo de gols, a decisão será nos pênaltis. Não haverá "gol qualificado".

Na Terceira Fase, a Copa do Brasil receberá os participantes da Libertadores (Botafogo, Palmeiras, Flamengo, Fortaleza, Internacional, São Paulo, Corinthians e Bahia), uma vaga pela classificação da Série A do Brasileiro (Cruzeiro - 9º colocado), o vice-campeão da Copa do Nordeste (CRB) - já que o campeão Fortaleza pegou a vaga pela Série A -, o campeão da Copa Verde (Paysandu) e o campeão da Série B (Santos).

O campeão da Copa do Brasil terá vaga na fase de grupos da Libertadores. Em hipótese alguma o vice da Copa do Brasil ficará com a vaga da Libertadores. Se o campeão da Copa do Brasil conquistar a vaga através do Brasileirão, do título da própria Libertadores ou da Sul-americana, a vaga será repassada a um clube da Série A do Brasileiro.

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