Atlético Mineiro, Corinthians, Fluminense, Grêmio e Palmeiras - representantes nacionais na Libertadores 2013 - têm vagas asseguradas nas oitavas-de-final da Copa do Brasil. O São Paulo, por sua vez, não estará na Copa BR. O Tricolor irá defender o título na Copa Sul-americana. O Vasco, melhor clube classificado no Campeonato Brasileiro da Série A 2012, ficou com a vaga paulista na Copa do Brasil.
O regulamento da competição segue o mesmo. Nas duas primeiras fases, os clubes visitantes poderão evitar a partida de volta em caso de vitórias por dois ou mais gols de diferença. No restante do mata-mata, as duas partidas são obrigatórias e o gol fora de casa terá valor dobrado.
Cruzeiro e Grêmio, com quatro títulos cada, são os maiores vencedores da Copa do Brasil. O Corinthians soma três conquistas, seguido por Flamengo e Palmeiras - atual campeão -, com duas. A lista com um título conta com Vasco, Santos, Sport, Fluminense, Paulista, Santo André, Juventude, Internacional e Criciúma.