Ceará - O Guarany será o único, entre os 12 campeões, a disputar a edição 2021 da Série D do Campeonato Brasileiro. Campeão em 2010, no 2º ano da divisão, o clube cearense está no Grupo A-2 ao lado de Paragominas-PA, adversário de estreia, Imperatriz-MA, Palmas-TO, Juventude-MA, 4 de Julho-PI, Moto Club-MA e um clube que virá da Preliminar (Tocantinópolis-TO ou Picos-PI).
A maioria dos outros campeões estão em divisões superiores no Brasileirão. Botafogo-PB (2013), Tombense-MG (2014), Botafogo-SP (2015), Volta Redonda-RJ (2016), Ferroviário-CE (2018) e Mirassol-SP (2020), por exemplo, jogarão a Série C na atual temporada.Já Sampaio Corrêa-MA (2012), Operário-PR (2017) e Brusque-SC (2019) foram além e terão o desafio da Série B pela frente. As exceções são São Raimundo-PA (2009), 1º campeão da história da Série D, e Tupi-MG (2011), que não têm divisão nacional em 2021.
Os confrontos da Segunda Fase terão os 32 clubes classificados em confrontos de ida e volta (1ºA1x4ºA2, 2ºA2X3ºA1, 1ºA2X4ºA1, 2ºA1X3ºA2, 1ºA3X4ºA4, 2ºA4X3ºA3, 1ºA4X4ºA33, 2ºA3X3ºA4, 1ºA5X4ºA6, 2ºA6X3ºA5, 1ºA6X4ºA5, 2ºA5X3ºA6, 1ºA7X4ºA8, 2ºA8X3ºA7, 1ºA8X4ºA7 e 2ºA7X3ºA8).
As oitavas de final, quartas de final, semifinal e final também serão em duelos de ida e volta. No mata-mata, em caso de empate, a decisão será por pênaltis. O mando de campo será definido de acordo com a campanha no geral, com exceção da Preliminar (maior número de pontos, vitórias, saldo de gols e sorteio).
Os semifinalistas conquistarão o acesso à Série C do Brasileirão. Os finalistas ainda brigarão pelo título da Série D.
