A Série C 2013 contou com 21 clubes. A CBF foi obrigada a incluir o Rio Branco-AC. Assim, o Grupo A passou a ter 11 clubes, um a mais do que o Grupo B. Na Primeira Fase, os clubes jogarão dentro dos próprios grupos em partidas de ida e volta. Os quatro melhores colocados de cada grupo se classificarão para as quartas-de-final.
Com a inclusão de mais um clube, cinco serão rebaixados à Série D. Vão cair três do Grupo A e dois do Grupo B.
CRITÉRIOS DE DESEMPATE PARA A PRIMEIRA FASE: 1 - Maior número de vitórias; 2 - Maior saldo de gols; 3 - Maior número de gols pró; 4 - Confronto direto (na somatória dos 180 minutos); 5 - Menor número de cartões vermelhos recebidos; 6 - Menor número de cartões amarelos recebidos; 7 - Sorteio.
*Permanecendo o empate no confronto direto, o desempate será pelo maior número de gols assinalados no campo do adversário. No caso de empate entre mais de dois clubes, não será considerado o quarto critério.
*Se houver empate entre clubes que brigam pelo título ou contra o rebaixamento, não serão aplicados os critérios 5º, 6º e 7º. O desempate ocorrerá através de um jogo extra em campo neutro. Havendo empate nesse jogo, a decisão será nos pênaltis.
MATA-MATA: No mata-mata serão jogos de ida e volta. Os semifinalistas conquistarão o acesso à Série B. E os finalistas ainda brigarão pelo título da Série C.
CRITÉRIOS DE DESEMPATE PARA O MATA-MATA: 1 - Maior saldo de gols; 2 - Maior número de gols pró assinalados no campo do adversário; 3 - Cobrança de pênaltis.
*Caso dois clubes de uma mesma cidade joguem as duas partidas no mesmo estádio, não será aplicado o item 2º para efeito de desempate.
MANDOS DE CAMPO PARA A SEMIFINAL E FINAL: 1º) maior número de pontos ganhos em toda a competição (soma das fases); 2º) maior saldo de gols em toda a competição (soma das fases).
*Caso dois clubes tenham empatado nos dois critérios, os mandos de campo serão determinados através de sorteio.