A Série C 2013 contou com 21 clubes. A CBF foi obrigada a incluir o Rio Branco-AC. Assim, o Grupo A passou a ter 11 clubes, um a mais do que o Grupo B. Na Primeira Fase, os clubes jogarão dentro dos próprios grupos em partidas de ida e volta. Os quatro melhores colocados de cada grupo se classificarão para as quartas-de-final.

Com a inclusão de mais um clube, cinco serão rebaixados à Série D. Vão cair três do Grupo A e dois do Grupo B.

CRITÉRIOS DE DESEMPATE PARA A PRIMEIRA FASE:
1 - Maior número de vitórias;
2 - Maior saldo de gols;
3 - Maior número de gols pró;
4 - Confronto direto (na somatória dos 180 minutos);
5 - Menor número de cartões vermelhos recebidos;
6 - Menor número de cartões amarelos recebidos;
7 - Sorteio.

*Permanecendo o empate no confronto direto, o desempate será pelo maior número de gols assinalados no campo do adversário. No caso de empate entre mais de dois clubes, não será considerado o quarto critério.

*Se houver empate entre clubes que brigam pelo título ou contra o rebaixamento, não serão aplicados os critérios 5º, 6º e 7º. O desempate ocorrerá através de um jogo extra em campo neutro. Havendo empate nesse jogo, a decisão será nos pênaltis.

MATA-MATA:
No mata-mata serão jogos de ida e volta. Os semifinalistas conquistarão o acesso à Série B. E os finalistas ainda brigarão pelo título da Série C.

CRITÉRIOS DE DESEMPATE PARA O MATA-MATA:
1 - Maior saldo de gols;
2 - Maior número de gols pró assinalados no campo do adversário;
3 - Cobrança de pênaltis.

*Caso dois clubes de uma mesma cidade joguem as duas partidas no mesmo estádio, não será aplicado o item 2º para efeito de desempate.

MANDOS DE CAMPO PARA A SEMIFINAL E FINAL:
1º) maior número de pontos ganhos em toda a competição (soma das fases);
2º) maior saldo de gols em toda a competição (soma das fases).

*Caso dois clubes tenham empatado nos dois critérios, os mandos de campo serão determinados através de sorteio.