A Copa do Brasil 2019 será disputada em mata-mata ao longo das suas oito fases. A Primeira Fase contará com 80 clubes e será definida em partida única. Em caso de empate, o melhor colocado no Ranking Nacional de Clubes avançará. A Segunda Fase com 40 clubes também será definida em duelo único. Em caso de empate, a decisão será nos pênaltis.

Todas as outras fases, por outro lado, serão com jogos de ida e volta. Em caso de empate na pontuação e no saldo de gols, a decisão será nos pênaltis. Não haverá "gol qualificado".

Nas oitavas de final, a Copa do Brasil receberá os participantes da Libertadores - os integrantes do G6 do Brasileirão (Palmeiras, Flamengo, Internacional, Grêmio, São Paulo e Atlético Mineiro), o campeão da Sul-americana (Athletico Paranaense), o campeão da Copa do Brasil (Cruzeiro), o campeão da Copa do Nordeste (Sampaio Corrêa), o campeão da Copa Verde (Paysandu) e o campeão da Série B (Fortaleza).

O campeão da Copa do Brasil terá vaga na fase de grupos da Libertadores. Em hipótese alguma o vice da Copa do Brasil ficará com a vaga da Libertadores. Se o campeão da Copa do Brasil conquistar a vaga através do Brasileirão, do título da própria Libertadores ou da Sul-americana, a vaga será repassada a um clube da Série A do Brasileiro.